Molecular detection of SARS-CoV-2 in Argentina: evaluation of alternative diagnostic tools for the decentralization of the diagnosis

Abstract

La explosión de casos de COVID-19 resaltó el papel fundamental que desempeñan las pruebas de diagnóstico en la toma de decisiones médicas y de salud pública, para contener y mitigar la pandemia de SARS-CoV-2. Este estudio reporta la evaluación e implementación de diferentes tests para la detección molecular de SARS-CoV-2 en la región central de Argentina. Evaluamos 3 kits de RT-PCR en tiempo real (GeneFinder COVID-19 Plus RealAmp Kit, DisCoVery SARS-CoV-2 RT-PCR Detection kit y WGene SARS-CoV-2 RT Detection), 2 métodos de extracción de ácidos nucleicos [MagaBio plus Virus DNA/RNA Purification Kit II (BioFlux), 35-minutes vs. 9-minutes], un reactivo pre-analítico (FlashPrep®) y 2 tests de amplificación isotérmica (Neokit Plus and ELA CHEMSTRIP®). El orden de rendimiento de los 3 kits de RT-PCR en tiempo real evaluados fue el siguiente: DisCoVery>GeneFinderTM>WGene. Los 2 métodos de extracción de RNA mostraron buenos y similares resultados; se seleccionó MagaBio plus Virus RNA Purification Kit II (BioFlux) 9-min debido a su rápido tiempo de procesamiento. El reactivo FlashPrep® mostró excelente resultado para realizar detección directa de RNA. Los ensayos de amplificación isotérmica mostraron valores de sensibilidad y especificidad aceptables (>80%), excepto en muestras con Ct>30. Nuestros resultados muestran kits de RT-PCR en tiempo real óptimos, como así también métodos moleculares alternativos para el diagnóstico de SARS-CoV-2 que resultan aceptables para su uso en contextos adversos, de descentralización y en diferentes escenarios epidemiológicos, para la detección rápida y precisa del SARS-CoV-2.

Translated abstract

The rocketing number of COVID-19 cases highlighted the critical role that diagnostic tests play in medical and public health decision-making to contain and mitigate the SARS-CoV-2 pandemic. This study reports the evaluation and implementation of different tests for the molecular detection of SARS-CoV-2 in the central region of Argentina. We evaluated 3 real time RT-PCR kits (GeneFinder COVID-19 Plus RealAmp Kit, DisCoVery SARS-CoV-2 RT-PCR Detection kit and WGene SARS-CoV-2 RT Detection), 2 nucleic acid extraction methods [MagaBio plus Virus DNA/RNA Purification Kit II (BioFlux), 35-minute vs. 9-minute], a pre-analytical reagent (FlashPrep®) and 2 isothermal amplification tests (Neokit Plus and ELA CHEMSTRIP®). The order according to the best performance of the 3 real-time RT-PCR kits evaluated was: DisCoVery>GeneFinderTM>WGene. The 2 RNA extraction methods showed similar good results: MagaBio plus Virus RNA Purification Kit II (BioFlux) 9-min was selected due to its faster performance. FlashPrep® reagent showed excellent results to perform direct RNA detection. Isothermal amplification assays showed acceptable sensitivity and specificity values (>80%), except in samples with Ct>30. Our data show optimal real time RT-PCR kits and alternative molecular methods for SARS-CoV-2 diagnostic. These alternative assays proved to be acceptable for their use in adverse contexts, decentralization, and different epidemiological scenarios, for rapid and accurate SARS-CoV-2detection.