OBJETIVO: Identificar los municipios cubanos de alta, mediana y baja incidencia de tuberculosis (TB), comparar las tasas de incidencia de los períodos 1999-2002 y 2003-2006, y analizar la distribución de la enfermedad según la densidad poblacional y la actividad económica. MÉTODOS: Se calculó la incidencia de TB por municipios, el intervalo de confianza (95%) y el porcentaje de variación para los estratos definidos según la densidad demográfica y la actividad económica predominante. Los municipios fueron divididos en tres categorías según su incidencia (> 10 por 100 000; > 5 por 100 000 a 10 por 100 000 disminuyó de 22,5% a 5,9%. La incidencia nacional cayó 28,7% -de 8,7 por 100 000 en 1999-2002, a 6,2 en 2003-2006. Los municipios no muy densamente poblados y dedicados principalmente a actividades agropecuarias registraron disminuciones de incidencia significativas. Todavía siguen altas las tasas de los municipios densamente poblados y dedicados a la industria y los servicios. CONCLUSIONES: La incidencia de TB disminuye sostenida y progresivamente en la mayoría de los municipios. Se necesitan estrategias diferenciadas para reducir las tasas de incidencia de TB en los municipios donde siguen siendo relativamente altas.