Diagnostic microbiologique de la grippe : service rendu aux urgences par le BioFire® Film Array® Respiratory panel 2 plus

Abstract

La grippe, maladie épidémique hautement transmissible, entraîne chaque année un afflux de personnes malades aux urgences générant un risque important de transmission croisée. Dans le but de remédier à cette situation, le service des urgences du centre hospitalier universitaire (CHU) de Limoges a décidé d’utiliser un test moléculaire rapide de diagnostic de la grippe, 24 heures sur 24 pendant toute la durée de l’épidémie. Afin d’évaluer l’intérêt de cette nouvelle modalité de prise en charge des patients, une étude a été entreprise, à partir des données recueillies durant les trois dernières épidémies hivernales (2016-2017, 2017-2018, 2018-2019). 3 240 échantillons ont été analysés durant cette période au cours de laquelle il a été noté une augmentation significative du nombre de prélèvements après la mise en place dès 2017-2018 d’un test rapide de biologie moléculaire (figure 1) . Figure 1 Évolution du nombre d’échantillons testés pour diagnostic de grippe entre 2016 et 2019. © S. ROGEZ Jusqu’en 2017, pour le diagnostic de la grippe, le test Anyplex TM II® de Seegene était effectué au CHU au rythme d’une analyse par jour en semaine. En cas d’urgence et sur avis du biologiste, un test unitaire Xpert Flu/RSV® de Cepheid était également effectué, en semaine, aux heures ouvrables, ainsi que le week-end (encadré 1). Au cours de l’hiver 2017-2018, le laboratoire a mis en place le test BioFire RP® de Biomérieux permettant la recherche de quatorze virus dont les virus Influenza et de trois bactéries atypiques dans un délai d’environ 1 h 10. Deux automates ont été installés au laboratoire d’analyses (BioFire® Film Array® Torch) avec prise en charge des prélèvements entre 8 h et 20 h en semaine et le samedi et au laboratoire d’urgence (BioFire®Film Array®2-0), les analyses des prélèvements étant effectuées entre 20 h et 8 h en semaine et le samedi après 20 h jusqu’au lundi 8 h. Ce nouveau mode de fonctionnement a nécessité une réorganisation du personnel avec un renfort de techniciens et une participation de l’ensemble du personnel du laboratoire de bactériologie-virologie. Au cours de l’hiver 2018-2019, le fonctionnement mis en place l’année précédente a été reconduit mais avec l’utilisation d’un nouveau test Film Array® RP2plus de Biomérieux permettant l’identification de deux pathogènes supplémentaires (Mers-CoV et Bordetella parapertussis). Les résultats de cette étude ont mis en évidence une diminution dans le délai moyen de rendu des résultats (entre l’heure du prélèvement et la confirmation du résultat) (figure 2) . Figure 2 Délais moyens de rendu des résultats en fonction des années. © S. ROGEZ Encadré 1. Caractéristiques des tests utilisés au CHU de Limoges pour le diagnostic de la grippe. • Test Anyplex TM II® - Permet la détection de 21 pathogènes respiratoires (16 virus, 5 bactéries) dont les virus Influenza - Extraction, amplification et révélation séparées - Résultat en 5 à 6 heures - Peu coûteux • Test Xpert Flu/RSV® - Permet la détection des grippes A et B et du VRS - Résultat en 40 minutes environ - Plus coût Concernant le taux de positivité, cette étude n’a pas mis en évidence d’augmentation régulière en fonction des années et des tests utilisés (58,3 % de positivité au cours de l’épidémie 2016-2017, 60 % en 2017-2018 et 63,4 % en 2018-2019). L’obtention rapide des résultats, grâce à l’utilisation en 2018-2019 de ce nouveau test moléculaire, a permis de mettre un peu plus souvent les patients sous traitement spécifique (oseltamivir), de placer davantage les patients en chambre seule limitant ainsi la transmission et de diminuer la durée de passage aux urgences (fléchage plus rapide vers le service adapté). Cela a également permis de réduire le nombre de traitement antibiotique essentiellement en pédiatrie et probablement de diminuer le taux d’hospitalisation et la durée de l’hospitalisation. Conclusion La mise en place en période épidémique du système de diagnostic 24 heures sur 24 par le Film Array a diminué de façon drastique le temps de réponse à la grande satisfaction des cliniciens. Déclaration d’intérêt : l’auteur déclare ne pas avoir de liens d’intérêts. source D’après une communication de S. Rogez, Limoges. 39e Réunion interdisciplinaire de chimiothérapie anti-infectieuse, 16 au 17 décembre 2019, Paris, France.