Evaluación de la diversidad genética de subespecies de arroz usando marcadores microsatélitales y aflp Translated title: Evaluation of genetic diversity in rice subespecies using aflp and microsatellite markers

Abstract

Los marcadores moleculares representan una herramientapoderosa en la evaluación de la diversidad genética y en ladeterminación de identidad, especialmente en variedadesde base genética estrecha como el arroz. El objetivo deeste estudio fue evaluar la diversidad genética de lassubespecies de arroz Indica y Japónica, mediante el uso de marcadores microsatélite y AFLP. Para ello, se evaluaron12 variedades de arroz venezolanas y 12 variedadeschilenas pertenecientes a las subespecies Indica y Japonica,respectivamente, con 13 marcadores microsatélites (SSR)y 5 combinaciones de primers AFLP. La presencia (1) yausencia (0) de bandas para cada SSR y combinación deprimers AFLP fue registrada para cada individuo y luegoconvertidos a matrices de similitud y distancia genéticapara los SSR y AFLP, respectivamente, a partir de la cualse construyó un cluster por el método UPGMA y se realizóel análisis de coordenadas principales. Con los 13 SSR seobtuvo un total de 70 alelos, siendo el promedio de 5,64alelos por locus, y el contenido de información polimórficade 0,60. Mientras que, con las 5 combinaciones de AFLPse generaron 82 bandas, de las cuales 43 (51,8%) resultaronpolimórficas. Ambos métodos de agrupamiento clasificaronlas variedades en 2 grupos: el primero correspondió a lasvariedades de la subespecie Japónica (chilenas) y elsegundo a la Indica (venezolanas). El grupo Japónicamostró menor diversidad genética que el grupo de Indica,y en general todas las variedades pudieron ser distinguidas.Los resultados sugieren que un pequeño número de marcadores genera suficiente información para estimar diversidad genética entre subespecies de arroz e identificar variedades.

Translated abstract

Molecular markers represent a powerful tool for genetic diversity assessment and identity determination especially in genetic narrow based rice varieties. This study aimed to assess the genetic diversity of Indica and Japonica rice subspecies using SSR molecular markers and AFLPs. We evaluated 12 rice Venezuelan varieties (Indica) and 12 Chilean varieties (Japonica) with 13 microsatellite markers (SSR) and four AFLP primer combinations. Presence (1) and absence (0) of bands for each microsatellite (SSR) and AFLP primer combination were scored for each variety, and then converted into similarity and distance genetic matrix for SSR and AFLP, respectively, to construct a cluster by the UPGMA method. Also a Principal Component Analysis was performed. A total of 70 alleles were obtained from the 13 SSRs, with an average of 5,64 alleles per locus, and a polymorphic information content of 0,60. A total of 82 bands were generated from four AFLPs combinations, from which 43 (51,8%) resulted polymorphic. Both grouping methods classified the varieties in two groups: first one corresponded to the Japonica subspecies varieties (Chilean) and the second to the indica subspecies varieties (Venezuelan). Japonica group showed a higher genetic diversity than the Indica group, and in general all varieties could be differentiated. Our results suggest that a small number of markers can generate enough amount of information useful to estimate genetic diversity between rice subspecies and to identify varieties.